Хранить навоз в мелких кучах нельзя, так как при этом теряется от 35 до 40% азота. Для хранения свежего навоза следует сделать небольшое навозохранилище закрытого типа. Располагают такое хранилище в сухом месте, подальше от жилого дома. Лучше всего навозохранилище сделать углубленным в виде котлована. Оно должно иметь непроницаемое дно и стенки, а внизу необходимо предусмотреть жижесборник, емкость которого определяется из расчета 0,1м куб. на 3 т навоза.

В процессе хранения из навоза выделяются аммиак и углекислый газ.

Углекислый газ заполняет котлован и препятствует проникновению в навоз кислорода, поэтому разложение навоза протекает с меньшими потерями азота и органических веществ. Сверху навозохранилище закрывают крышкой. На зиму навоз покрывают полиэтиленовой пленкой и мульчируют слоем торфа толщиной не менее 30 см.
Температура навоза при хранении в любое время года не должна, превышать +60°С. Зимой этот параметр выдерживается достаточно легко, а вот летом, если температура повышается, то навоз увлажняют водой или уплотняют.

Срок хранения навоза — от четырех до восьми месяцев. За это время в нем под влиянием микроорганизмов снижается содержание органических веществ и азота и увеличивается количество фосфора и калия.